Die EKAH beurteilt "Bewilligungsgesuche oder Forschungsvorhaben von grundsätzlicher oder beispielhafter Bedeutung", wie dies im Gentechnikgesetz und in der Einsetzungsverfügung durch den Bundesrat vorgesehen ist. Ihre Aufgabe ist es, die Ziele und Auswirkungen menschlichen Handelns mit gentechnisch veränderten Organismen zu analysieren, zu bewerten und die Vollzugsbehörden und den Gesetzgeber mit Blick auf künftige Gesetzgebung aus ethischer Sicht zu beraten.

Gentechnisch veränderte Organismen wurden in der Schweiz erstmals 1991 und 1992 in einem Versuch der Eidgenössischen Forschungsanstalt Changins freigesetzt. Damals gab es noch kein Gentechnikgesetz und im Umweltschutzgesetz fehlten entsprechende Bestimmungen.

Ein erstes Gesuch für die Freisetzung von gentechnisch verändertem Mais empfahl die EKAH 1999 abzulehnen, weil nach ihrer Einschätzung allfällige ökonomische Vorteile die sozialen und ökologischen Bedenken nicht aufwiegen konnten:

In einer Stellungnahme von Mai 2000 lehnte die EKAH ein gesetzliches Verbot der Freisetzung gentechnisch veränderter Organismen jedoch ausdrücklich ab und sprach sich vielmehr für ein Moratorium kommerzieller Freisetzungen aus. Für forschungsrelevante Freisetzungsversuche empfahl sie ein strenges Bewilligungsverfahren:

Ein Freisetzungsgesuch der ETH Zürich mit pilzresistentem Weizen wurde sehr kontrovers beurteilt. Die Mehrheit der Kommission gelangte im April 2001 zur Auffassung, dass aus ethischer Sicht nichts gegen die Durchführung des Versuchs sprach, sofern bestimmte Auflagen erfüllt würden.

Das Gesuch wurde von der Bewilligungsbehörde in erster Instanz abgelehnt, von den Rekursinstanzen hingegen zur Neubeurteilung zurückgewiesen. In diesem zweiten Verfahren beurteilte die Mehrheit der Kommission Sinn und Qualität des Versuchs als ungenügend und empfahl das Gesuch zur Ablehnung, zumal auch die in der ersten Stellungnahme genannten Auflagen nicht erfüllt worden waren:

Im Juli 2007 hat die EKAH drei Gesuche der ETH und der Universität Zürich für Freisetzungsversuche gentechnisch veränderter Getreide-Arten beurteilt:

Nach Inkrafttreten des neuen Gentechnikgesetzes am 1. Januar 2004 wurde die Freisetzungsverordnung revidiert, die den Umgang mit gentechnisch veränderten Organismen in der Umwelt regelt. Die EKAH war als beratende Kommission in diesen Revisionsprozess einbezogen und nahm zu mehreren Entwurfsversionen im Rahmen der Anhörung und der verwaltungsinternen Konsultationen Stellung.

Stellungnahme vom 28. März 2006 zum Anhörungsentwurf der Freisetzungsverordnung

Im Februar 2009 nahm die EKAH zur Änderung des Gentechnikgesetzes zur Verlängerung des Moratoriums für die Freisetzung gentechnisch veränderter Organismen in der Landwirtschaft Stellung. Die Revision des Gentechnikgesetzes hatte zum Ziel, mit einer neuen Übergangsbestimmung das bereits geltende Moratorium für GVO in der Landwirtschaft um drei Jahre bis zum 27. November 2013 zu verlängern. Zudem wollte es das Einsprache- und Beschwerderecht im Rahmen der Bewilligungsverfahren für die Freisetzung und das Inverkehrbringen von GVO auf Gesetzesstufe regeln.

Stellungnahme vom 11. Februar 2009 zur Änderung des Gentechnikgesetzes zur Verlängerung des GVO-Moratoriums in der Landwirtschaft bis November 2013